Se desconoce su lugar de nacimiento así como su primera formación musical. Es posible que fuese hermano de José Ruiz Samaniego, pero no hay pruebas documentales que lo demuestren. Diversos autores han especulado con que fuese originario de Segovia o de Laguardia, en la provincia de Álava, pero de nuevo sin documentos que lo prueben. La investigación de su origen está dificultada por la misma circunstancia que lleva a la inseguridad en su biografía en general: el compositor a menudo es nombrado como «Francisco Ruiz», sobre todo en sus primeros años, un nombre muy común que podría referirse a varios compositores y no solo a uno.

Las primeras noticias que se tienen de Ruiz son de un «Francisco Ruiz» que era contralto del coro de la capilla de música de la Catedral de Santa María de Segovia en 1618. La noticia indica que abandonaba su ración. Tras la partida del maestro Urbán de Vargas a Pamplona, la vacante del cargo de maestro de capilla de la Catedral de Huesca fue concedida el 20 de noviembre de 1630 a Francisco Ruiz Samaniego. Parece que Ruiz fue expulsado del cargo al año siguiente, el 2 de agosto de 1631, por haber «intentado convencer a los infantes de que se fueran de la Catedral de Huesca».​ Ruiz fue elegido al magisterio de la Catedral de Santo Domingo de la Calzada el 23 de julio de 1633. Parece que por entonces era maestro de capilla de la Colegiata de Alfaro. De nuevo, no permanecería por mucho tiempo, ya que el 16 de febrero de 1635 se despedía para ejercer el magisterio del Monasterio de las Huelgas, en Burgos. Se sabe que en 1642 era maestro de capilla de la Catedral de Astorga, y en 1644 postuló al magisterio de la Catedral de Toledo, pero consiguió el cargo Luis de Garay.

Frontispicio de la edición de "Villancicos" de Francisco Ruiz Samaniego

Ruiz se desplazó a Málaga para participar en las oposiciones al magisterio de la Catedral el 26 de septiembre de 1646. Los exámenes tuvieron que retrasarse por enfermedad de Ruiz y se realizaron finalmente el 2 de octubre, resultando elegido el 22 de octubre. Durante su permanencia en este cargo, que ocupó hasta 1653, fue amonestado y multado en varias ocasiones​ por diferentes faltas. El 24 de octubre de 1653 comunicó al cabildo malagueño que había sido llamado por la Catedral de Burgos para el magisterio, que había quedado vacante al desplazarse Urbán de Vargas a Zaragoza.​ En realidad Ruiz había escrito al cabildo burgalés ofreciéndose, tras enterarse de la marcha de Vargas, a cambio de la colación y la posesión del canonicato del maestro de capilla. Luego de diversas negociaciones, fue recibido en Burgos el 13 de julio de 1654.

Durante su etapa burgalesa fue maestro de los compositores Luis de Bonafonte,​ posteriormente maestro de las colegiatas de Vitoria y Borja, y Juan García de Salazar, posteriormente maestro de las catedrales de El Burgo de Osma y Zamora. Sus relaciones con el cabildo fueron muy buenas, ya que a pesar de descuidar sus obligaciones como en otras ocasiones, el cabildo lo reprendió, pero lo realizó más en forma de consejo que de reprehensión, por ser leves las ocasiones.​ El 13 de marzo de 1661 informaba al cabildo que los fríos de Burgos le estaban perjudicando la salud y que necesitaba un clima más benigno. En la carta mencionaba que había rechazado ofertas de varias catedrales, pero que había aceptado la de Málaga. El cabildo le concedió el permiso para abandonar el puesto y se afanó en buscar un sustituto, que encontraron en Juan de La Madrid.

El 12 de abril de 1661 Francisco Ruiz Samaniego tomó posesión de nuevo del magisterio de la Catedral de Málaga. En sus tres primeros años se ocuparía de la reforma de la capilla, ya que faltaban varios cantores e instrumentista. En las actas capitulares aparece la noticia de su fallecimiento el 12 de febrero de 1666. Durante su estancia en Málaga en más de una ocasión se insistió a Francisco Ruiz en la necesidad de que renovara el repertorio, particularmente los misereres, lo que pone de manifiesto un deseo, implícito en el ambiente musical español del s. xvii (frente a las habituales calificaciones de conservadurismo que se dirigen hacia este período), de novedad, de modernidad y de lucimiento para los intérpretes. A este respecto hay que hacer notar el hecho de que en algunas composiciones de Ruiz Samaniego se encuentren pasajes de mayor dificultad vocal de lo que es frecuente encontrar en la música española conocida de su tiempo. Se han conservado obras de Ruiz en dos archivos de catedrales españolas, la de Zaragoza y la de Burgos.​